Losy Papieskiego Wydziału Teologicznego są skomplikowane ze względu na zmieniające się realia polityczne, m.in. przesunięcia granic i zmiany ustrojów. Po wojnie teologia nie znalazła swojego miejsca na odrodzonym Uniwersytecie Wrocławskim i została przeniesiona na Ostrów Tumski - najpierw do Metropolitalnego Wyższego Seminarium Duchownego, a potem zaczęła funkcjonować jako samodzielna jednostka akademicka.

Jak pisze w swoim opracowaniu ks. prof. Józef Pater, „dzięki zabiegom abp. Bolesława Kominka i bp. Pawła Latuska, 28 lutego 1964 r. watykańska Kongregacja do Spraw Seminariów i Uniwersytetów uznała studia filozoficzno-teologiczne prowadzone w seminarium duchownym za podstawę do utworzenia we Wrocławiu Akademickiego Studium Teologii, przyznając prawo nadawania stopni akademickich bakalaureatu i licencjatu”.

Następnie, 22 lutego 1968 r., wydano Deklarację Kongregacji Pro Institutione Catholica, zgodnie z którą uczelnia została uznana za kontynuatora przedwojennego Wydziału Teologii Katolickiej Uniwersytetu Wrocławskiego, a 2 czerwca 1974 r. przyznano jej przydomek „papieski”.