Zamierzenia stworzenia kolejnego ośrodka pielgrzymkowego w okresie kontrreformacyjnego działania kościoła katolickiego obok istniejących już w Bardzie, Kralikach, Starym Wielisławiu, Szalejowie Dolnym i Wambierzycach nie zostały w pełni zrealizowane, a główną ich przyczyną stały się problemy finansowe i przerwanie w 1714 roku budowy świątyni oraz śmierć architekta Jacopo Carove. Dodatkowo po przejściu hrabstwa kłodzkiego pod administrację pruską, ograniczono zagraniczny i lokalny ruch pielgrzymkowy. Kolejnym "ciosem" stała się "konkurencyjna" ze względu na bliskie sąsiedztwo Maria Śnieżna (1781–1782) – nowy ośrodek maryjny na Górze Iglicznej. 

Projekt nowowiejskiej świątyni powstał w 1702 roku, a budowę rozpoczęto w roku 1703. Budowa została przerwana w 1714 roku, gdy mury korpusu obiektu zostały podciągnięte do wysokości dachu, a samo prezbiterium było już zadaszone. Drugi etap budowy przypada na lata 1742 – 1751 i był kontynuowany przez architekta – amatora, proboszcza z pobliskich Roztok Antona Josepha Legenfelda. W momencie konsekracji kościoła w 1751 roku był on pozbawiony wież i murowanego szczytu. Wzniesiony został tylko prosty drewniany szczyt z sygnaturka na dachu. Stanowiło to jedynie zabezpieczenie przed dalszym niszczeniem świątyni i umożliwienie jej funkcjonowania. Budowę zakończono ostatecznie (III etap) w latach 1800 – 1805. W roku 1800 wymurowano szczyt w fasadzie, a w latach 1804 – 1805 powstały górne kondygnacje obu wież. Pracami kierował budowniczy Althannów Franz Knappe z Międzylesia, a roboty ciesielskie wykonywali rzemieślnicy z Wilkanowa. (

Z kościołem w Nowej Wsi związana jest historia welonu, w który obleczona była królowa francuska Maria Antonina w drodze na szafot. Welon ten w niewyjaśnionych okolicznościach trafił w XIX w. do Nowej Wsi, gdzie pozostał do końca drugiej wojny światowej. Kilka lat później zaginął i odnalazł się w miejscowości Telgte w Niemczech.