Najstarsza informacja o znajdującym się tutaj kościele pochodzi z 1183 r. i związana jest z osadzeniem przy nim joannitów. Przypuszczalnie jednak był to wtedy jeszcze bardzo skromny, drewniany kościółek. Ziemia kłodzka była wówczas częścią Królestwa Czeskiego, a pod względem kościelnym należała do nowo utworzonego arcybiskupstwa praskiego. Kamień węgielny pod obecną świątynię położyli w 1344 r. kłodzcy joannici, a fundatorem był abp Arnošt z Pardubic. Budowę rozpoczęto już po jego śmierci w 1364 r., a ukończono w latach 1552–1555 zasklepieniem nawy głównej. W 1562 r. świątynię przejęli protestanci. Katolickie nabożeństwa joannitów w tym czasie odbywały się tylko w kaplicy św. Jakuba i w nawie południowej kościoła.